Cómo facturar tus honorarios médicos con CFDI 4.0, paso a paso

Son las 7 de la tarde. Terminas la última consulta y tu paciente te pregunta: "Doc, ¿me da factura?".

Es una escena de todos los días. En una encuesta que hicimos en Doctoralia a más de 500 médicos en México, el 95% dijo que emite una factura a nombre del paciente cada vez que este se la pide. Y lo que pesa no es la factura en sí, sino lo que viene con ella: pedir los datos, capturarlos en el portal o mandárselos al contador, y esperar a que salga.

En esta guía te explicamos, de manera clara y directa, el procedimiento para emitir tus CFDI 4.0 por honorarios médicos y cómo resolver esta tarea sin acumular pendientes al final de la semana.

Guía de contenido

En resumen

¿Cómo se facturan los honorarios médicos? Con un CFDI 4.0 que sellas con tu Certificado de Sello Digital (CSD). Solo necesitas cinco datos de tu paciente: nombre, RFC, código postal, régimen fiscal y el uso de la factura (D01 si la va a deducir). La consulta va sin IVA y la factura se emite dentro de las 24 horas siguientes.

¿Para qué le sirve la factura al paciente (y a ti)?

Para tu paciente, la factura es la llave para deducir la consulta en su declaración anual o pedir el reembolso a su aseguradora. Para ti, es el comprobante de que ese ingreso está en orden ante el SAT. Ganan los dos.

¿Cuánto tiempo tengo para hacerla?

Menos del que muchos creen: 24 horas. El Reglamento del Código Fiscal pide que la factura se timbre dentro del día siguiente a la consulta.

Si pensabas que tenías hasta fin de mes, no eres el único. En nuestra encuesta, casi la mitad de los médicos (46%) creía lo mismo, y solo 2 de cada 10 conocían el plazo real. La buena noticia es que la solución es sencilla: facturar en cuanto termina la consulta, mientras tu paciente sigue ahí. Sin pendientes y sin perseguir a nadie después.

¿Y las consultas en las que nadie pide factura? También cuentan como ingresos. Normalmente, se juntan en una factura global a "público en general"; tu contador te dirá cada cuánto te conviene hacerla.

Antes de empezar

Lo que tú necesitas

Piensa en esto como preparar el consultorio antes de abrir: se hace una vez y ya.

• Tus datos fiscales, tal como aparecen en tu Constancia de Situación Fiscal.
• Tu CSD (Certificado de Sello Digital): dos archivos (.cer y .key) y una contraseña. Es el "sello" que hace válidas tus facturas.

Aquí está la confusión más común: el CSD no es tu e.firma. Las dos tienen archivos con las mismas terminaciones, así que es fácil equivocarse. La e.firma es tu firma para trámites con el SAT; el CSD solo sirve para sellar facturas (y lo sacas usando tu e.firma). Un detalle más: si acabas de tramitarlo, puede tardar de uno a tres días en funcionar.

Lo que les pides a tus pacientes

Con la factura 4.0, el SAT revisa que los datos del paciente coincidan al pie de la letra. Te tiene que dar cinco cosas:

1. Su nombre, tal cual aparece en su Constancia de Situación Fiscal.
2. Su RFC.
3. El código postal de su domicilio fiscal.
4. Su régimen fiscal.
5. Para qué usará la factura (si la va a deducir, es D01).

El truco que ahorra más tiempo: pídele su Constancia de Situación Fiscal. Trae casi todo, y te evitas que una letra de más haga que el SAT rechace la factura.

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Cómo hacer la factura de una consulta

Ya sea en el portal del SAT o en un sistema de facturación, el camino es el mismo:

1. Elige una factura de "Ingreso", que es la que se usa para cobrar.
2. Llena los datos de tu paciente, los cinco que le pediste.
3. Indica cómo te pagó: efectivo, tarjeta o transferencia. Tiene que ser la forma real.
4. Selecciona la clave oficial del catálogo SAT y escribe la descripción del servicio, por ejemplo "Consulta de ginecología", y el monto.
5. Marca la consulta sin IVA (los honorarios médicos están exentos).
6. Timbra con tu CSD y descarga el PDF y el XML.
7. Mándaselos a tu paciente, por correo o WhatsApp.

¿La llena tu asistente o quieres tenerla a la mano? Esta es la guía con los campos que más dudas generan:

Puedes ver el ejemplo completo en la guía del SAT sobre honorarios médicos.

¿Lleva IVA? ¿Y si me paga una empresa?

La consulta médica no lleva IVA cuando la da un médico con título, como persona física. Así que, en el caso más común, tu paciente paga $1,000 y tú recibes $1,000.

Cambia un poco cuando quien paga es una empresa: le toca retenerte una parte del ISR. Si tributas en actividades profesionales, te retiene el 10% (de $1,000 recibes $900). Si estás en RESICO, el 1.25% (recibes $987.50). No es dinero perdido: esa retención cuenta a tu favor en tus impuestos.

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Quiero saber más

Cómo ayudar a tu paciente a deducir su consulta

Muchos pacientes piden factura justo para deducirla. Para que les sirva, deben cumplirse tres cosas:

• Que la factura diga D01 en "uso del CFDI".
• Que te hayan pagado con tarjeta o transferencia. Si pagan en efectivo, la factura es válida, pero no la podrán deducir.
• Que la forma de pago de la factura sea la que realmente usaron.

Un gesto que tus pacientes van a agradecer: antes de cobrar, pregúntales si van a deducir la consulta y, si es así, sugiéreles pagar con tarjeta. Te ahorras cancelar y rehacer la factura después.

¿Tu caso es distinto, como un consultorio constituido como empresa o servicios que no son consulta? Vale la pena confirmarlo con tu contador. Y si quieres saber qué puedes deducir tú, te lo contamos en nuestra guía de gastos deducibles para médicos.

Me equivoqué en una factura, ¿y ahora?

Pasa más seguido de lo que crees, y casi siempre por lo mismo: un nombre escrito distinto a la Constancia, un código postal viejo, el régimen equivocado o una forma de pago que no coincide.

La factura no se puede editar, pero tiene arreglo: primero emites la factura nueva, relacionada con la original, y después cancelas la original indicando el folio de la nueva. Al cancelar, el SAT te pide elegir un motivo:

• 01, con errores y con sustitución: hubo un error y la reemplazas por una correcta. Es la opción recomendada, porque tu paciente nunca se queda sin factura válida.
• 02, con errores sin sustitución: hubo un error y no vas a emitir otra.
• 03, no se llevó a cabo la operación: facturaste una consulta que al final no ocurrió.
• 04, operación incluida en una factura global: esa consulta ya iba en tu factura a público en general y el paciente pidió la suya.

¿Solo necesitas hacer un descuento o una devolución? Ahí no hace falta cancelar: basta con una nota de crédito ligada a la factura original.

La nota de crédito (CFDI de Egreso) se utiliza para restar o ajustar el saldo de una factura ya emitida cuando necesitas aplicar un descuento posterior, registrar una devolución por servicios no prestados o corregir un cobro realizado en exceso, evitando así la cancelación total del comprobante original.

Factura al terminar la consulta sin salir de tu agenda

Tu paciente te pide factura y, en lugar de anotarlo en un post-it, la haces ahí mismo.

Así funciona con Doctoralia Practice: abres la cita, das un clic y se crea la factura con los datos de la consulta ya cargados. Un segundo clic, y queda timbrada por un proveedor de facturación certificado. Sin portal del SAT, sin otro programa, sin dejarlo para después.

Lo que cambia en tu día a día:

• Configuras tus datos fiscales y tu CSD una sola vez. Y si por error subes la e.firma, el sistema te avisa.
• Tu asistente puede facturar por ti e incluso puedes crear un usuario adicional para tu contador. Con el permiso "Facturas", crea y timbra las facturas desde la misma agenda donde programa tus citas.
• Sabes quién hizo qué. Cada factura guarda un historial con el nombre de quien la emitió o modificó.
• Corregir ya no es empezar de cero. Cancelas con el motivo del SAT y emites la correcta en un solo paso. Los descuentos se resuelven con una nota de crédito desde la factura original.

¿Y tu contador? Sigue siendo tu mejor aliado. Practice no lo reemplaza: le hace la vida más fácil. Tus facturas salen a tiempo y en orden, y él puede dedicarse a lo que de verdad importa, como tus declaraciones y tu estrategia fiscal.

¿Te gustaría verlo en tu consultorio? Conoce la facturación de Doctoralia Practice y un asesor te mostrará cómo emitir tu primera factura desde la cita.

Las dudas más comunes de los médicos

¿Cuánto tiempo tengo para hacer la factura de una consulta?

24 horas desde la consulta. Por eso lo más práctico es hacerla en cuanto terminas, y no dejarla para fin de mes.

¿Qué "uso de CFDI" le pongo?

D01 ("Honorarios médicos, dentales y gastos hospitalarios") si tu paciente la va a deducir. Si no sabe o no la va a deducir, S01 ("Sin efectos fiscales").

¿Mis honorarios llevan IVA?

No. La consulta de un médico con título, como persona física, está exenta de IVA.

¿Qué clave de servicio uso para una consulta?

El SAT usa en su ejemplo la 85121600, "Servicios médicos de doctores especialistas". Si tienes duda sobre la que mejor describe tu servicio, revísala con tu contador.

Mi paciente me pagó en efectivo, ¿le puedo facturar?

Sí, y debes hacerlo. Solo ten en cuenta que no podrá deducirla: para eso tiene que pagar con tarjeta o transferencia.

¿En qué se diferencian el CSD y la e.firma?

La e.firma es tu firma para trámites con el SAT. El CSD es el sello que usas solo para facturar, y lo tramitas con tu e.firma.

Me equivoqué en una factura, ¿la puedo corregir?

No se edita, pero se arregla: cancélala con el motivo 01 y emite una nueva relacionada con la original. Así tu paciente nunca se queda sin factura.

¿Mi asistente puede facturar por mí?

Sí, si trabaja en un sistema que lo permita con tu CSD. En Doctoralia Practice, tu asistente con el permiso "Facturas" puede hacerlo, y tú ves en el historial quién emitió cada factura.

Aviso y fuentes

Este contenido es informativo y de carácter general. No sustituye la asesoría fiscal o contable. Actualizado el 5 de noviembre de 2026.

Fuentes consultadas

• SAT. Ejemplo de factura de honorarios médicos.
• Reglamento del Código Fiscal de la Federación, artículo 39 (cotejar con la versión oficial de la Cámara de Diputados).
• El Contribuyente. Gastos médicos deducibles: requisitos y límites (abril de 2026).
• El Contribuyente. El SAT aclara los plazos para emitir facturas (febrero de 2025).
• Doctoralia. Encuesta de facturación dentro de la app, octubre de 2026 (entre 532 y 679 médicos por pregunta).